ضماناً لاستقرار الدولة أمر الإمبراطور قسطنطين عام 325م بعقد اجتماع يجمع كل أصحاب هذه الآراء المختلفة للاتفاق على عقيدة واحدة يجمع الناس حولها، فاجتمع في نيقية 2048 أسقفاً منهم 338 يقولون بألوهية المسيح، وانتهى ذلك المجمع بانحياز الإمبراطور إلى القول بألوهية المسيح ولينفض على القرارات التالية:

1- لعن آريوس الذي يقول بالتوحيد ونفيه وحرق كتبه، ووضع قانون الإيمان النيقاوي ( الأثناسيوسي) الذي ينص على ألوهية المسيح.

2- وضع عشرين قانوناً لتنظيم أمور الكنيسة والأحكام الخاصة بالأكليريوس.

3- الاعتراف بأربعة أناجيل فقط: ( متى، لوقا، مرقس، يوحنا) وبعض رسائل العهد الجديد والقديم، وحرق الأناجيل لخلافها عقيدة المجمع.

فرض الإمبراطور العقوبات المشددة على أتباع المذهب الآريوسي. كما تقرر فيه أن روح القدس هو روح الله وحياته، وأنه من اللاهوت الإلهي، وتم زيادته في قانون الإيمان النيقاوي،
ولعن من أنكره مثل مكدنيوس، وذلك بالإضافة إلى عدة قوانين تنظيمية وإدارية تتعلق بنظام الكنيسة وسياستها.

ظهر الصراع والتنافس بين كنيسة روما بما تدعي لها من ميراث ديني، وبين كنيسة القسطنطينية عاصمة الدولة ومركز أباطرتها في مجمع أفسس الأول عام 431م حيث نادى
نسطور أسقف القسطنطينية بانفصال طبيعة اللاهوت عن الناسوت في السيد المسيح عليه السلام، وبالتالي فإن اللاهوت لم يولد ولم يصلب، ولم يقم مع الناسوت، وأن المسيح يحمل الطبيعتين منفصلتين:
اللاهوتية و الناسوتية، وأنه ليس إلهاً، وأمه ليس إلهاً، وأمه لا يجوز تسميتها بوالدة الإله، وقد حضر المجمع مائتان من الأساقفة بدعوة من الإمبراطور ثاؤديوس  الصغير، الذي انتهى بلعن نسطور ونفيه، والنص في قانون الإيمان بأن مريم العذراء والدة الإله.

بسبب دعوى أرطاخي باتحاد الطبيعتين في السيد المسيح عليه السلام عقد له أسقف القسطنطينية فلافيانوس مجمعاً محلياً وقرر قطعه من الكنيسة ولعنه؛ لكن الإمبراطور ثاؤديوس
الصغير قيل التماس أرطاخي، وقرر إعادة محاكمته، ودعا لانعقاد مجمع أفسس الثاني عام 449م برئاسة بطريرك الإسكندرية ديسقورس لينتهي براءته مما نسب إليه.

يعد هذا المجمع الخامس من نوعه وقد تم عقده تحت لواء القيصر جوستينيان الأول ( الأكبر). ولم يكن هذا المجمع إلا للتهاف، وفيه أصدر القيصر جوستينيان ـ الذي كان يعد أهم رجال اللاهوت آنذاك وأكثر الحكام غشماً على الإطلاق ـ العقائد والتعليمات التي تخص المؤتمر قبل إنعقاد بزمن في صورة مراسيم وقوانين. ولم يعقد هذا المجمع إلا لأخذ موافقة الكنيسةفقط، وكان عماد هذا المجمع هو مرسوم لجوستينيان تم التصديق عليه وسرى كقانون على الرغم من تردد بعض الأساقفة الغربيين.

عقد هذا المجمع لمناقشة مقالة بابا الإسكندرية ديسقورس: من أن للمسيح طبيعتين في طبيعة واحدة ( المذهب الطبيعي ـ المونوفيزتية)، ليتقرر لعن ديسقورس وكل من شايعه ونفيه،
وتقرير أن للمسيح طبيعتين منفصلتين. فكان ذلك دافعاً أن لا تعترف الكنيسة المصرية بهذا المجمع ولا بالذي يليه من المجامع. ومنذ ذلك التاريخ انفصلت في كنيسة مستقلة تحت
اسم الكنيسة المرقسية ـ الكنيسة الأرثوذكسية ـ أو القبطية تحت رئاسة بطريرك الإسكندرية، وانفصلت معها كنيسة الحبشة وغيرها، ليبدأ الانفصال المذهبي عن الكنيسة الغربية. بينما
اعترفت كنيسة أورشليم الأرثوذكسية بقرارات مجمع خلقلدونيا وصارت بطريركية مستقلة تحت رئاسة البطريرك يوفيناليوس.

في عام 678 ـ 681م، عمل الإمبراطور قسطنطين الرابع على استرضاء البابا أجاثون بعد ما فقد المراكز الرئيسية لمذهب الطبيعة الواحدة في مصر والشام لفتح المسلمين لهما، فتم عقد مجمع القسطنطينية الثالث عام 680م للفصل في قول يوحنا مارون من أن للمسيح عليه السلام طبيعتين ومشيئة واحدة. وفيه تقرر أن للمسيح طبيعتين ومشيئتين، ولعن وطرد من يقول بالطبيعة الواحدة أو بالمشيئة الواحدة، ولذلك انفصلت طائفة المارونية ولحقت بسابقتها من الكنائس المنفصلة.